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​​Após concluir a licenciatura em piano pela Escola Superior de Música de Lisboa, Margarida Prates seguiu para Itália, onde frequentou durante cinco anos as masterclasses do pianista Fausto Zadra, na Scuola Internazionale di Pianoforte, em Roma. Posteriormente ingressou na Academia de Música Aquiles Delle Vigne, com o Mestre Aquiles Delle Vigne, obtendo o Diploma de Artista.

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Gosta de tocar a solo, mas também de explorar a música de conjunto, apresentando-se regularmente em concertos de música de câmara.Em 2019 co-fundou, o Duo Scherzo (duo de flauta e piano), um dos duos mais ativos da sua geração em Portugal.

 

O seu repertório de eleição é sobretudo o dos períodos clássico e romântico, mas tem estreado também obras de compositores vivos. Sérgio Azevedo dedicou-lhe uma obra a solo e outra para duo de flauta e piano. Estas experiências de contacto íntimo com o compositor têm sido fundamentais para o seu crescimento enquanto artista.

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Tem atuado em Portugal, Espanha, França, Luxemburgo, Alemanha e Guatemala.

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Foi distinguida em vários concursos: obteve menções honrosas no Jugend Musiziert Wettbewerb (1990), no Concurso Internacional de Música do Estoril (1994) e no Corso-Concorso di Brescia (1996), um segundo prémio no Tournoi International de Musique de Paris (2003) e, em 2024, o Prémio Platina na categoria Virtuoso Award dos European Classical Music Awards.

 

Interessada na investigação musicológica, realiza regularmente programas na RDP/Antena 2, entre eles “A história do teclado”, “O feminismo na música”, dois ciclos dedicados a António Fragoso e “O imaginário infantil na História da Música”.

 

Em 2024 criou, com a Museus e Monumentos de Portugal, o projeto Pontes Artísticas, um ciclo de concertos precedidos de visitas guiadas aos museus, que estabelece pontes entre a música erudita e as artes plásticas. O enorme sucesso da iniciativa tem levado à sua replicação em vários museus e monumentos do país.​