Ses performances ont été acllamées par la critique, dont elle a écrit:
« Margarida Prates a donné un excellent concert hier à Guatemala City, accompagnée par l'Orquestra Sinfónica Juvenil Municipal. Sa performance a été tonitruante. La façon dont Margarida Prates ressent et respire la musique et la façon dont elle transmet ce sentiment au piano est admirable. Elle a créé une fantastique connexion humaine et musicale avec l'Orchestre et le Maestro, évidente sur scène tout au long du concert » (Direction du Musée Ixchel, Guatemala City, août 2012)

"Avec un programme entièrement dédié au romantisme, la pianiste a conquis le public par sa musicalité" (Diário do Sul, 2009)

“ Pianiste aromatique, confiant, plein d'émotion. Son interprétation touchait droit au cœur des auditeurs » (Ute van Sanden, Mitteldeutsche Zeitung, 2008)

Son parcours académique a commencé à l'Institut Gregoriano de Lisbonne, après quoi elle c'est diplômé de l'École Supérieure de Musique de Lisbonne. Plus tard, Margarida Prates a suivi à Rome, des cours de perfectionnement au piano avec le pianiste Fausto Zadra, à la Scuola Internazionale di Pianoforte. En 2013, elle intègre l'Académie Internationale de piano Achilles Delle Vigne, où elle obtient, en 2016, le « Diplôme d'Artiste ».

Elle a participé à plusieurs concours de piano nationaux et internationaux, ayant été récompensée au Jugend Musiziert, au Concours International de Musique d'Estoril, auCorso-Concorso di Brescia / Italie et auTournois International de Musique | Paris.

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Elle a eu une activité prolifique en tant que pianiste soliste, se produisant au Portugal et à l'étranger. Elle voue également une attention particulière à la musique de chambre, ayant déjà joué avec plusieurs ensembles, soulignant un intérêt particulier pour le répertoire pour flûte et piano.

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Elle collabore régulièrement avec l'Orchestre de chambre de Cascais et Oeiras.

Parallèlement à son activité de concertiste, Margarida Prates s'intéresse au domaine de la recherche musicologique, ce qui l'a amenée à être invitée par RDP/Antena 2, à réaliser des émissions de radio consacrées à différents thèmes, tels que L'histoire du clavier (2008), Féminisme en musique (2009), António Fragoso et ses contemporains (2012), António Fragoso, biographie musicale (2018), L'imaginaire des enfants dans l'histoire de la musique (2022).

En 2018, elle participe au documentaire cinématographique « A vida breve de António Fragoso », produit par RTP 2, à l'occasion du centenaire de la mort de ce musicien portugais.